Tokat Müzesi, 1926 yılında emekli öğretmen Halis Cinlioğlu'nun çabalarıyla toplanan tarihi eserlerin Muiniddin Süleyman Pervane Bey tarafından yaptırılmış olan 1277 tarihli Gök Medrese'de biraraya getirilmesiyle kurulmuştur.
Anadolu Selçuklu devrinde medrese ve darüşşifa olarak kullanılan Gök Medrese, iki katlı, iki eyvanlı, revaklı, ortası açık avlulu plan tipindedir. Gök Medrese, 1982 yılında restorasyon, çevre düzenlemesi, sergileme çalışmalarıyla müze olarak arkeolojik ve etnografik eser koleksiyonuyla tekrar ziyarete açılmıştır.
Sergileme odalarında Maşat Höyük (Zile) kazısında gün ışığına çıkarılan Eski Tunç, Hitit, Demir Çağına ait mimari kalıntılar, kemik, maden, taş, pişmiş toprak eserler, Hanözü sondaj kazısı eserleri ile Hıristiyanlık eserleri ve etnografik eserler alır. Tarihi değerleri anlamında çok önemli olan sikkeler ve süs eşyaları da müzenin nadide eserleri arasında bulunmaktadır. Müzede Anadolu medeniyetleri eserlerinin ve Ulutepe (Turhal) kazısı buluntularının yanı sıra Roma ve Bizans devirlerinin eserleri de sergilenmektedir.
Anadolu'nun Tokat çevresine ait yaşam birikimini yansıtan etnografik eserler, geleneksel giyim, günlük kullanım eşyaları gibi ögelerle zengin bir koleksiyon halinde sergilenmektedir.